兩個風格各走極端的科學家－次方博士和D博士在世界上各領風騷，D博士認為要令世界得到真正和平，必須清治『有害』的人類，將世界重新定位，同時著力研究『改造人』計劃，將人體重新改造成沒有感覺的殺人機器以進行『人類清洗計劃』，最後被次方博士識破了他的計劃，利用強化裝備－『鬥神』軍團將D博士消滅…
    當次方博士滿以為世界得到了和平之際，被消滅的Ｄ博士竟然利用『改造人』技術改造自己，更創造了虛擬世界『Destroyer'，將真實世界上有利用價值的人和物透過電腦程式拉進『Destroyer'裡，企圖與這個隱藏的世界製造大軍反攻真實世界，搶奪世界的控制權。
    次方博士洞悉此事後，由於沒有進入『Destroyer'的技術所以一直,無法派出鬥神大軍直接擊破，最後派遣了病毒程式－拯救艦『次方』進入『Destroyer'企圖拯救被吸進去的生存者，D博士亦同時一邊製造改組人，一邊著力追擊『次方』，兩方進行一場超越時空、年代的爭霸之戰！